Il forte Santa Caterina si colloca sul punto più alto della montagna omonima. E’ un superbo edificio nelle cui cupe celle furono rinchiusi alcuni dei più gloriosi eroi del Risorgimento. Infatti, nel 1858 nelle grotte del castello erano prigionieri Giovanni Nicotera con altri componenti della sfortunata spedizione di Sapri capitanata da Carlo Pisacane.
Il castello, nel suo aspetto attuale, si articola in una pianta rettangolare con tre corpi di fabbrica sporgenti. In realtà non è sempre agevole distinguere le parti più antiche dai rifacimenti e presunti ampliamenti del XVI/XVII secolo. Si presume che in origine il fortilizio medievale fosse una grande torre.
Un geografo arabo del IX secolo, Ibn Khurdadhbeh, ricorda Favignana in qualità di gazirah ar-rabib, cioè "isola del romito". La medesima testimonianza viene riportata nel 1185 da Ibn Jubair, il quale ricorda sull'isola una sorta di castello abitato da un romito. Nel 1272 si documenta una tonnara, mentre due anni dopo, nel 1274, si menziona un «castrum Favognane custoditur per castellanum Palmerium Abbatem». Il medesimo stato giuridico si ripete in un documento del 1281. Nell'anno 1355 l'«insula Famignane cum castro» rientra nella lista delle terre e dei castelli feudali. Sembra, comunque, che nel 1398 Favignana appartenga al demanio reale. Undici anni dopo, nel 1409, tengono il castello un castellano e quattro servienti.
Nnel 1498 Andrea Rizzo, signore di Favignana, lo amplia per affrontare meglio gli attacchi corsari.Nel 1655 esso viene ulteriormente fortificato dagli Aragonesi. Il suo triste destino di carcere ha inizio nel 1794, quando i Borboni cominciarono ad inviarvi i patrioti dei vari moti insurrezionali in condizioni di prigionia a dir poco inumane.La struttura dell'edificio viene trasformata in semaforo ed ospita impianti militari.